فضول كودو شينيتشي لا يزال يوقعه في المشاكل، حتى عند لقائه برجلين مثيرين للشبهة قام بلحاقهما والتجسس عليهما وأكتشف انهما يعملان لمنظمة حالكة السواد، لكن سرعان ما انتهت لعبة التحري عندما قام أحد الرجلين بضربه، أجبره الرجل على تناول عقار ما وحين استفاق وجد نفسه قد تحول إلى طفل ، يخوض شينتشي صراع البقاء للقضاء المنظمة السوداء ويجمع العديد من الحلفاء بجسده المتقلص تحت اسم كونان إيدوجاوا